R을 이용한 실험데이터 분석

1부 실험설계와 실험데이터 분석 개요
1장 실험설계와 실험데이터 분석의 개념적 기초
1 실험연구와 인과추론
2 실험데이터 분석을 위한 기초 개념
2-1 통계적 유의도 테스트와 귀무가설
2-2 제1종 오류와 제2종 오류
2-3 일방향 테스트와 양방향 테스트
2-4 요인형 변수 코딩법: 더미코딩, 효과코딩, 합산코딩
2-5 개체간 요인과 개체내 요인
2-6 주효과와 상호작용효과
2-7 요인과 공변량

2장 실험데이터 분석의 전반적 진행과정
1 실험연구 진행과정
1-1 실험설계
1-2 표본크기 추정
1-3 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
1-4 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교
1-5 분석결과의 해석
2 2부의 구성 개요
3 본서의 활용법

3장 실험데이터 분석기법 실습을 위한 R 패키지
1 범용 데이터 분석 R 패키지: tidyverse, patchwork, lmtest,
modelsummary, writexl, knitr
2 표본크기 추정 R 패키지: pwrss
3 실험데이터 분석 R 패키지: emmeans, afex, effectsize, car,
nlme, lme4, lmerTest, glmmTMB
4 제한적 종속변수 실험데이터 분석 R 패키지: ordinal,
RVAideMemoire, nnet, MASS, pscl

2부 실험데이터 분석 실습
4장 단일 요인설계
1 2수준 요인의 경우
1-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
1-2 처치효과 및 효과크기 추정
1-3 분산동질성 가정 위배시 대안적 분석방법: 웰치 조정기법과 GLS
1-4 추가 분석: 계획비교, 사후 다중비교
1-5 공변량을 투입한 공분산분석
1-6 분석결과 보고시 고려사항

2 3수준 요인의 경우
2-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
2-2 처치효과 및 효과크기 추정
2-3 추가 분석: 계획비교, 사후 다중비교
2-4 분산동질성 가정 위배시 대안적 분석방법
2-5 공변량을 투입한 공분산분석
2-6 분석결과 보고시 고려사항과 효과패턴의 시각화

3 다수준 개체간 요인의 경우
3-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
3-2 처치효과 및 효과크기 추정
3-3 추가 분석: 계획비교, 사후 다중비교
3-4 분산동질성 가정 위배시 대안적 분석방법과 공분산분석
3-5 분석결과 보고시 고려사항

4 단일요인설계와 일원(공)분산분석: 정리

5장 2요인설계
1 2×2 2요인설계
1-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
1-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
1-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교
1-4 공변량을 투입한 공분산분석
1-5 분산동질성 가정이 유효하지 않을 경우
1-6 분석결과 보고시 고려사항

2 3×3 2요인설계
2-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
2-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
2-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교, 기울기 분석
2-4 분석결과 보고시 고려사항

6장 3요인설계
1 3×3×2 3요인설계
1-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
1-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
1-3 추가 분석: 단순효과(단순주효과, 단순2원상호작용효과) 분석, 계획비교, 사후 다중비교
1-4 분석결과 보고시 고려사항

7장 반복측정설계
1 단일집단 2수준 개체내 요인설계
1-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
1-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
1-3 추가 분석: 혼합모형 활용시 자유도 조정기법

2 단일집단 3수준 개체내 요인설계
2-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
2-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
2-3 추가 분석: 계획비교, 사후 다중비교
2-4 오차항 행렬 통제

3 3×2 혼합설계: 3수준 개체내 요인과 2수준 개체간 요인
3-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
3-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
3-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

4 개체내 특성 공변량 포함 3×2 혼합설계
(3수준 개체내 요인, 2수준 개체간 요인)
4-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
4-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
4-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

5 반복측정설계를 따르는 실험데이터 분석결과 보고시 고려사항

8장 블록설계와 배속설계
1 1 블록설계
1-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
1-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
1-3 추가 분석: 계획비교, 사후 다중비교
1-4 혼합모형을 활용한 블록설계 실험데이터 분석
1-5 불균형 완전 블록설계

2 배속설계
2-1 배속설계 데이터의 특성 및 데이터 수집
2-2 처치효과·효과크기 추정 및 효과패턴의 시각화
2-3 추가 분석: 계획비교, 사후 다중비교

9장 제한적 종속변수 포함 실험설계
1 이항 종속변수: 개체간 2×2 2요인설계
1-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
1-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
1-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교
1-4 공변량이 포함된 경우

2 이항 종속변수: 개체내-개체간 3×2 2요인설계
2-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
2-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
2-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

3 순위형 종속변수: 개체내-개체간 3×2 2요인설계
3-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
3-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
3-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

4 무순위 범주형 종속변수: 개체간 3×2 2요인설계
4-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
4-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
4-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

5 횟수형 종속변수 포아송 모형: 개체간 2×2 2요인설계
5-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
5-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
5-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

6 횟수형 종속변수 음이항 모형: 개체간 3×2 2요인설계
6-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
6-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
6-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

7 횟수형 종속변수 일반화혼합모형: 개체내-개체간 3×2 2요인설계
7-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
7-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
7-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

8 영포화 종속변수 대상 모형: 개체간 3×2 2요인설계
8-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
8-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
8-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교
8-4 허들 모형의 경우

9 영포화 종속변수 일반화선형혼합모형: 개체내-개체간 3×2 2요인설계
9-1 표본크기 추정, 실험설계, 데이터 수집
9-2 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
9-3 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교

3부 마무리
10장 기타 실험설계 및 실험데이터 분석
1 집단·군집 무작위 실험
2 부분요인설계
3 반응표면방법
4 마이크로어레이 실험
5 컴퓨터 실험

11장 실험설계 및 데이터 분석 요약
1 실험설계
2 표본크기 추정
3 처치효과 추정 및 효과패턴의 시각화
4 추가 분석: 단순효과 분석, 계획비교, 사후 다중비교
5 분석결과 해석

별첨-1 표본크기 추정 관련 추가사항들
1 사후 (통계적)검증력 분석
1-1 제4장 분석사례 대상 사후 검증력 분석
1-2 제5장 분석사례 대상 사후 검증력 분석
2 기타 귀무가설 테스트: 우월성, 비열등성, 동등성
2-1 두 집단 중 한 집단의 우월성 대안가설
2-2 두 집단 중 한 집단의 비열등성 대안가설
2-3 두 집단의 동등성 대안가설
3 표본크기 추정시 기타 고려사항들

별첨-2 제곱합 추정유형과 분산분석 추정결과