바이오 인포매틱스

1부. 개요

1장. 컴퓨터 시대의 생물학
전산학이 생물학을 어떻게 바꾸었는가
생명정보학은 단순한 데이터베이스 구축이 아니다
생물학자에게 정보학은 어떤 의미가 있는가
전산학자는 생물학 분야에서 어떤 작업을 하는가
생명정보학자에게 필요한 기술
왜 생물학자가 컴퓨터를 사용해야 하는가
생명정보학 연구에 PC를 활용하는 방법
어떤 정보나 소프트웨어를 사용할 수 있을까
프로그래밍 언어는 혼자서도 배울 수 있나
웹 정보를 어떻게 사용할까
서열 정렬 데이터를 분석하는 방법
두 개의 생물학적 서열을 정렬하는 프로그램
단백질 서열로부터 구조를 예측하는 방법
생명정보학은 어떤 질문에 답할 수 있는가

2장. 생물학 과제에 대한 전산학적 연구방법
분자생물학의 중심 도그마
생물학자가 만드는 모델
왜 생물학자는 모델을 만드는가
이 책에서 다룰 전산학적 방법
전산 생물학 실험

2부. 생명정보학 워크스테이션

3장. 개인용 워크스테이션 구축
유닉스 시스템 운영
리눅스 워크스테이션 구축
소프트웨어 실행
어떤 소프트웨어가 필요한가

4장. 유닉스의 파일과 디렉토리
파일시스템 기초
디렉토리와 파일을 다루는 명령어
다중 사용자 환경 작업

5장. 유닉스 시스템 작업
유닉스 셸
유닉스 시스템 명령어
파일 보기와 편집
변형과 필터
파일의 통계학적 분석과 비교
정규 표현식 언어
유닉스 셸 스크립트
다른 컴퓨터와 통신
공유 환경에서 할 수 있는 재미있는 작업

3부. 생명정보학 도구

6장. 웹을 이용한 생물학 연구
검색 엔진 사용
과학 논문 검색
공공 생물학 데이터베이스
생물학 데이터베이스 검색
공공 데이터베이스 데이터 예치
소프트웨어 검색
정보의 품질 판단

7장. 서열 분석, 짝 정렬, 데이터베이스 검색
생물분자의 화학적 조성
DNA와 RNA의 조성
왓슨과 크릭이 DNA의 구조를 밝히다
DNA 염기 서열 결정법의 발전
DNA에서 유전자 탐색과 특징 검출
DNA 번역
짝짓기 서열 비교
생물학적 데이터베이스에 대한 서열 질의
서열 분석을 위한 다기능 도구

8장. 다중 서열 정렬, 트리, 프로필
형태에서 분자로
다중 서열 정렬
계통발생학적 분석
프로필과 모티프

9장. 단백질 구조의 시각화 및 구조적 특성 계산
단백질 구조 데이터
단백질 화학
웹 기반 단백질 분석 도구
구조 시각화
구조 분류
구조 정렬
구조 분석
용매 접근성과 상호작용
물리화학적 특성 계산
구조 최적화
단백질 리소스 데이터베이스
종합 활용

10장. 서열 기반의 단백질 구조와 기능 예측
단백질 구조 결정
단백질 구조 예측
3차원에서 1차원으로
단백질 서열 특성 검출
2차 구조 예측
3차원 구조 예측
종합 활용 : 단백질 모델링 프로젝트
요약

11장. 유전체학과 단백질체학을 위한 도구
유전자 서열 결정에서 유전체 서열 결정까지
서열 합체
웹 유전체 정보 접근
전체 유전체 서열의 주석 첨부 작업과 분석
기능 유전체학 : 새로운 데이터 분석에의 도전
단백질체학
생화학적 경로 데이터베이스
키네틱스와 생리학 모델링
요약

4부. 데이터베이스와 시각화

12장. 펄 언어를 사용한 데이터 분석 자동화
왜 펄 언어를 사용하는가
펄 언어 기초
패턴 매치와 정규 표현식
펄을 이용한 BLAST 결과 파싱
펄로 하는 생명정보학

13장. 생물학 데이터베이스 구축
데이터베이스 종류
데이터베이스 소프트웨어
SQL 기초
MySQL DBMS 설치
데이터베이스 설계
데이터베이스 연동 웹 기반 소프트웨어 개발

14장. 시각화와 데이터 마이닝
데이터 준비
그래픽 보기
서열 데이터 시각화
네트워크와 경로 시각화
수치 데이터 처리 작업
시각화 : 요약
데이터 마이닝과 생물학 정보