산업단지 입주기업 지방세 감면실무

머리말
PART 01 연구개발 지원을 위한 감면(제46조)
PART 02 기업합병･분할 등에 대한 감면(제57조의2)
PART 03 기업 재무구조 개선 등에 대한 감면(제57조의3)
PART 04 벤처기업 등에 대한 과세특례(제58조)
PART 05 지식산업센터 등에 대한 감면(제58조의2)
PART 06 창업중소기업 등에 대한 감면(제58조의3)
PART 07 산업단지 등에 대한 감면(제78조)
PART 08 법인의 지방 이전에 대한 감면(제79조)
PART 09 공장의 지방 이전에 따른 감면(제80조)
PART 10 감면 제외대상(제177조)
PART 11 지방세 감면 특례의 제한(제177조의2)
PART 12 감면된 취득세의 추징(제178조)
PART 13 토지에 대한 재산세의 경감율 적용(제179조)
PART 14 중복 감면의 배제(제180조)
PART 15 감면신청 등(제183조)

(1) 산업단지 시행자 지정 전 취득한 토지에 대한 취득세
지방세특례제한법 제78조 제1항은 감면의 적용요건으로 감면주체가 “산업입지및개발에관한법률 제16조에 따른 산업단지개발사업시행자”일 것, 감면목적이 “산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산”일 것을 명시하고 있다. 판례 및 조세심판례에서는 산업단지 개발사업시행자로 지정되기 전에 취득한 토지는 위 감면주체로서의 요건을 충족하지 못했으므로 감면 대상에 해당되지 않는다고 보고 있다.
① 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
「지방세특례제한법」 제78조 제1항은 취득세 등이 감면되는 납세의무의 주체를 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자로 규정하고 있고, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조 제1항에서 산업단지개발사업은 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자를 사업시행자로 규정하고 있으므로, 산업단지지정권자인 처분청의 지정을 받은 사업시행자가 취득하는 부동산에 대하여만 취득세 등을 면제하는 것이 타당한 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날(2014. 7. 29.) 현재 산업단지지정권자인 처분청의 지정을 받은 사업시행자는 청구법인이 아닌 ○○○인 점 등에 비추어 청구법인이 산업단지개발사업의 사업시행자로 지정되기 전에 취득한 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제78조 제1항의 취득세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심2015지1798, 2016. 3. 28.).

(5) 추징이 배제되는 정당한 사유
① 추징을 배제할 수 있는 정당한 사유
지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호는 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 직접 사용하지 않은 경우라 하더라도, 정당한 사유가 있으면 추징을 배제하고 있다. 정당한 사유에 대해서 법원은 법령에 의한 금지･제한 등 외부적 사유의 존재, 직접사용을 위한 진지한 노력 여부, 부동산 취득목적에 따른 일반적인 준비기간의 장단, 직접 사용하지 못한 법령상･사실상 장애사유 등을 구체적으로 고려하여 판단하고 있다(대법원 2019두33415, 2019. 5. 16.).

② 모법인이 감면받은 자법인에게 추징 가능한지와 정당한 사유 여부
모법인이 쟁점토지를 취득한 날(2014. 4. 29.)부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 모법인이 감면받은 취득세 및 재산세 등을 자법인에게 추징 가능한지 여부와 관련하여, 청구법인이 모법인으로부터 물적 분할에 따라 쟁점토지를 자산으로 이전받으면서 감면이 확정된 모법인의 취득세 및 재산세의 채무까지 승계하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 모법인이 감면받은 취득세 및 재산세 등이 추징대상이 되었다 하더라도 그 세액을 모법인에게 과세할 수 있을 뿐 청구법인에게 추징하는 것은 타당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 모법인이 감면받은 2014년도 취득세와 2014년도분 및 2015년도분 재산세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.